En la bodega se lleva a cabo un especial sistema de fermentación particularmente innovador, diseñado por el enólogo Basilio Izquierdo en Rioja, y adaptado a estas instalaciones en la Ribera del Duero. Es novedoso sistema que  se basa en el uso de un puente grúa y un pequeño depósito llamado OVI, que llenándose por gravedad, es elevado hasta la misma boca de entrada del depósito de destino. Antes de la entrada en la bodega, la uva pasará la noche en cámaras frigoríficas especialmente adaptadas para conseguir la humedad y la temperatura adecuadas. De esta forma la materia prima comenzará la fermentación alcohólica con 5º grados de temperatura, ideal para garantizar las propiedades presentes en la misma y el desarrollo de una fermentación lenta y controlada. La constante  preocupación por mantener las cualidades físicas de la uva se refleja en todos los movimientos, prescindiendo de cualquier sistema que origine presión a la pasta como el uso de bombas o tuberías, que provocarían la ruptura del hollejo antes de la entrada en el depósito. La uva que llega en cajas de vendimia y supera la mesa de selección entra, por medio de un sistema de cintas transportadoras, a la misma boca del depósito donde se despalilla en el momento de caer por gravedad. La nave de fermentación está equipada con depósitos de acero inoxidable, especialmente diseñados para conseguir una maceración más eficaz debido a su gran superficie de sombrero, y tinas de roble francés, con una capacidad de 150 Hl para fermentación alcohólica y de 200 Hl destinadas a fermentación maloláctica. Todos los depósitos están dotados con tecnologías de control de vanguardia que permite mimar los procesos de fermentación alcohólica y maloláctica al detalle. La sala de fermentación en madera incorpora las tecnologías más modernas, utilizando los sistemas de gravedad que respeten al máximo las cualidades de la materia prima. Se utilizan pequeños OVIS transportadores que mediante un sistema de vuelo traslada la uva desde la entrada a cada uno de los depósitos, donde los vinos llevarán a cabo las fermentaciones, especialmente El Anejón de la Cuesta de las Liebres y el famoso Pago de Carraovejas Cuesta de las Liebres. Mediante un prolongado estudio de I+D han sido capaces de seleccionar y elegir su propia cepa de levaduras así como de bacterias lácticas para caracterizar y diferenciar ya desde la fermentación sus caldos, lo cual, unido a la calidad en la materia prima, permite conseguir la personalidad y singularidad de los vinos de Pago de Carraovejas. La crianza impone que la madera de las barricas sea, junto con la uva, la otra gran preocupación de la bodega. La selección de las más de 3000 barricas se hace tras muchas pruebas y controles, en sus tonelerías y en la bodega, consiguiendo una selección excepcional de grano extrafino. Las barricas se disponen en un solo nivel para facilitar los trabajos de relleno y análisis de las mismas con el objeto de vigilar sus perfectas condiciones sanitarias. Los vinos pasan por barricas nuevas y seminuevas de roble francés y americano con una vida máxima de tres años. La crianza abarca desde los doce hasta los veinticuatro meses, dependiendo del tipo de vino. Durante todo este largo  proceso se van realizando catas organolépticas que determinarán su destino final: Crianza, Reserva —en determinadas añadas— y Vendimia Seleccionada Cuesta de las Liebres —sólo en cosechas excepcionales—.Tras su paso por barrica, estos vinos son clarificados con clara de huevo natural. El embotellado se realiza siempre en primavera y la permanencia en las botellas va desde seis hasta veinticuatro meses.